2009 hat die Kinder- und Jugendstiftung erstmalig ein eigenes Projekt initiiert – die JohanneumAkademie. Zwischenzeitlich hat sie sich zu einer eigenen Marke entwickelt. Ziel der JohanneumAkademie ist es, sozial benachteiligte Kinder an unterschiedliche Bildungsangebote heranzuführen, ihre Neugier zu wecken, soziale Kompetenzen zu entwickeln und das Selbstwertgefühl zu steigern. In der „JohanneumAkademie“ wird eine ständige pädagogische Projektbegleitung der Kinder wurde durch MitarbeiterInnen des Schullandheimes des Kinder-, Jugend- und Familienhilfe e.V. Chemnitz sichergestellt.
Neben den Bildungsangeboten stehen Sport und Kreativität auf dem Programm. Stabile Partner für die Stiftung sind hierbei die Kunstfabrik und Jugendwerkstätten vom solaris Förderzentrum für Jugend & Umwelt gGmbH Sachsen und Punkt Balance Fitness und Gesundheitsmanagement. Seit 2009 haben 14 Projektwochen stattgefunden und wurden 179 Kinder begleitet. Die Projektwochen finden jeweils in den Oster- und Herbstferien statt.